Kostel byl vybudován v roce 1605, původně v renesanční, později přestavěn v novogotickém stylu. Historie kostela je velmi pestrá. V 16. století jej ovládli luteráni. Teprve v roce 1615 se stal trvale kostele katolickým. V roce 1652 byl znovu zasvěcen Božímu tělu. V červnu, na svátek Božího těla, se proto u kostela pořádá procesí a slavnostní bohoslužby. Kostel byl několikrát zasažen požáry. V roce 1931 byl kostel rozšířen o příčnou loď s kazetovým stropem a presbytář podle projektu Jaroslava Oplta z Brna.
Roku 1886 byly do kostela instalovány nové varhany. V roce 1945 byly do kostela pořízeny nové zvony. Ty původní během války zabavily německé úřady. Poválečné zvony zvonily na kostele až do července roku 2011. V říjnu roku 2011 byly posvěceny 3 nové zvony: bl. Jan Pavel II., Panna Marie Fatimská a sv. Hedvika. Jeden ze symbolů Jablunkova, kostelní věž, zůstává po staletí nezměněn.
